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Prof. Marwan

Prof. Dr. rer. nat. habil. Wolfgang Marwan

Naturwissenschaften
Institut für Biologie (IBIO)
Pfälzer Straße 5, Carnot-Gebäude (Geb. 25), 39106, Magdeburg, Gebäude 25, Raum 016
Tel.: +49 391 67 54600
Fax: +49 391 67 11214

Prof. Dr. rer. nat. habil. Wolfgang Marwan

Naturwissenschaften
Institut für Biologie (IBIO)
Pfälzer Straße 5, Carnot-Gebäude (Geb. 25), 39106, Magdeburg, Gebäude 25, Raum 016
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Fax: +49 391 67 11214
Projekte
Publikationen

2017

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Glöckner, Gernot;  Marwan, Wolfgang 

Transcriptome reprogramming during developmental switching in Physarum polycephalum involves extensive remodeling of intracellular signaling networks
In: Scientific reports - [London]: Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, Vol. 7.2017, Art. 12304, insgesamt 12 S.; http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-12250-5

Werthmann, Britta;  Marwan, Wolfgang 

Developmental switching in Physarum polycephalum - Petri net analysis of single cell trajectories of gene expression indicates responsiveness and genetic plasticity of the Waddington quasipotential landscape
In: Journal of physics / D - Bristol: IOP Publ, Vol. 50.2017, 46, Art. 464003, insgesamt 18 S.; http://iopscience.iop.org/article/10.1088/1361-6463/aa8e2b

Dissertation
Blätke, Mary-Ann;  Marwan, Wolfgang [GutachterIn] 

Biomodelkit - a framework for modular biomodel-engineering
In: Magdeburg, 2017, 190 Seiten, Illustrationen ; [Literaturverzeichnis: Seite [177]-188]

2016

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Schaap, Pauline;  Barrantes, Israel;  Minx, Pat;  Sasaki, Narie;  Anderson, Roger W.;  Bénard, Marianne;  Biggar, Kyle K.;  Buchler, Nicolas E.;  Bundschuh, Ralf;  Chen, Xiao;  Fronick, Catrina;  Fulton, Lucinda;  Golderer, Georg;  Jahn, Niels;  Knoop, Volker;  Landweber, Laura F.;  Maric, Chrystelle;  Miller, Dennis;  Noegel, Angelika A.;  Peace, Rob;  Pierron, Gérard;  Sasaki, Taeko;  Schallenberg-Rüdinger, Mareike;  Schleicher, Michael;  Singh, Reema;  Spaller, Thomas;  Storey, Kenneth B.;  Suzuki, Takamasa;  Tomlinson, Chad;  Tyson, John J.;  Warren, Wesley C.;  Werner, Ernst R.;  Werner-Felmayer, Gabriele;  Wilson, Richard K.;  Winckler, Thomas;  Gott, Jonatha M.;  Glöckner, Gernot;  Marwan, Wolfgang 

The physarum polycephalum genome reveals extensive use of prokaryotic two-component and metazoan-type tyrosine kinase signaling
In: Genome biology and evolution : GBE. - Oxford : Oxford Univ. Press, Bd. 8.2016, 1, S. 109-125

2015

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Rätzel, Viktoria;  Marwan, Wolfgang 

Gene expression kinetics in individual plasmodial cells reveal alternative programs of differential regulation during commitment and differentiation
In: Development, growth & differentiation : official journal of the Japanese Society of Developmental Biologists. - Oxford [u.a.] : Wiley-Blackwell, Bd. 57.2015, 5, S. 408-420

Buchbeitrag
Blätke, Mary Ann;  Heiner, Monika;  Marwan, Wolfgang 

BioModel engineering with Petri nets
In: Algebraic and discrete mathematical methods for modern biology. - London, UK : Academic Press, S. 141-192, 2015

Dissertation
Peschel, Britta;  Reichl, Udo [Gutachter];  Marwan, Wolfgang [Gutachter] 

Infection dynamics and virus-induced apoptosis in influenza virus A infected adherent and suspension MDCK cells
In: Zugl.: Magdeburg, Univ., Fak. für Verfahrens- und Systemtechnik, Diss., 2015; Aachen: Shaker; VI, 180 S.: Ill., graph. Darst.; 21 cm, 291 g - (Forschungsberichte aus dem Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer technischer Systeme; 44), ISBN 978-3-8440-3738-8

Rätzel, Viktoria;  Marwan, Wolfgang [GutachterIn] 

Dynamische Fließgleichgewichte und ihre Übergänge in Reaktionsnetzwerken - experimenteller Nachweis der Quasi-potential-Landschaft der zellulären Reprogrammierung
In: Magdeburg, 2015; 146 Blätter: Illustrationen; 30 cm ; [Literaturverzeichnis: Seite 132-136]

2014

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Soldatova, Larisa N.;  Nadis, Daniel;  King, Ross D.;  Basu, Piyali S.;  Haddi, Emma;  Baumlé, Véronique;  Saunders, Nigel J.;  Marwan, Wolfgang;  Rudkin, Brian B. 

EXACT2 - the semantics of biomedical protocols
In: BMC bioinformatics. - London : BioMed Central; Vol. 15.2014, Suppl. 14, S. S5

Buchbeitrag
Blätke, Mary Ann;  Rohr, Christian;  Heiner, Monika;  Marwan, Wolfgang 

A Petri-net-based framework for biomodel engineering
In: Large-Scale Networks in Engineering and Life Sciences. - Heidelberg [u.a.] : Springer, Imprint: Birkhäuser, S. 317-366, 2014

Favre, Marie C. F.;  Marwan, Wolfgang;  Wagler, Annegret K. 

Integrating prior knowledge in automatic network reconstruction
In: CEUR workshop proceedings. - Aachen : RWTH, Bd. 1159.2014, S. 45-59

2013

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Blätke, Mary Ann;  Dittrich, Anna;  Rohr, Christian;  Heiner, Monika;  Schaper, Fred;  Marwan, Wolfgang 

JAK/STAT signalling - an executable model assembled from molecule-centred modules demonstrating a module-oriented database concept for systems and synthetic biology
In: Molecular BioSystems. - Cambridge : Royal Society of Chemistry, Bd. 9.2013, S. 1290-1307

Dissertation
Marbach, Anja;  Marwan, Wolfgang [Gutachter] 

Zellheterogenität am Beispiel der Expression des Escherichia coli lac Operons
In: Magdeburg, Univ., Fak. für Naturwiss., Diss., 2013; X, 126 S.: Ill., graph. Darst.; 30 cm

Rudolf, Christiane;  Marwan, Wolfgang [Gutachter] 

Untersuchungen zum biotechnologischen Potenzial des fakultativ photosynthetischen Bakteriums Rhodospirillum rubrum und dessen Zentralstoffwechsel
In: Magdeburg, Univ., Fak. für Naturwiss., Diss., 2013; XV, 233 S.: graph. Darst.

2012

Abstrakt
Blätke, Mary Ann;  Marwan, Wolfgang 

A database-supported modular modelling platform for systems and synthetic biology
In: Biological processes & Petri Nets, S. 18-19, 2012 - (CEUR workshop proceedings; 852)

Begutachteter Zeitschriftenartikel
Blätke, Mary Ann;  Dittrich, Anna;  Rohr, Christian;  Heiner, Monika;  Schaper, Fred;  Marwan, Wolfgang 

JAK/STAT signalling - an executable model assembled from molecule-centred modules demonstrating a module-oriented database concept for systems- and synthetic biology
In: De.arxiv.org. - [S.l.] : Arxiv.org, insges. 54 S., 2012

Durzinsky, Markus;  Marwan, Wolfgang;  Wagler, Annegret 

Reconstruction of extended Petri nets from time-series data by using logical control functions
In: Journal of mathematical biology. - Berlin : Springer, insges. 21 S., 2012

Buchbeitrag
Blätke, Mary Ann;  Dittrich, Anna;  Heiner, Monika;  Schaper, Fred;  Marwan, Wolfgang 

JAK-STAT signalling as example for a database-supported modular modelling concept
In: Gilbert, David: : Computational Methods in Systems Biology. - Berlin : Springer, S. 362-365, 2012 - (Lecture Notes in Bioinformatics; 7605)

Blätke, Mary Ann;  Heiner, Monika;  Marwan, Wolfgang 

Predicting phenotype from genotype through automatically composed Petri nets
In: Gilbert, David: : Computational Methods in Systems Biology. - Berlin : Springer, S. 87-106, 2012 - (Lecture Notes in Bioinformatics; 7605)

Dissertation
Carius, Anke Berit;  Marwan, Wolfgang [Gutachter] 

Untersuchungen zur Redoxregulation der Photosynthesemembranexpression in dem fakultativ phototrophen Bakterium Rhodospirillum rubrum
In: Magdeburg, Univ., Fak. für Naturwiss., Diss., 2012; III, 134 S.: graph. Darst.

Nicht begutachteter Zeitschriftenartikel
Barrantes, Israel;  Leipzig, Jeremy;  Marwan, Wolfgang 

A next-generation sequencing approach to study the transcriptomic changes during the differentiation of physarum at the single-cell level
In: Gene regulation and systems biology. - Auckland, NZ : Libertas Academica, 6, S. 127-137, 2012

Originalartikel in begutachteter internationaler Zeitschrift
Hoffmann, Xenia-Katharina;  Tesmer, Jens;  Souquet, Manfred;  Marwan, Wolfgang 

Futile attempts to differentiate provide molecular evidence for individual differences within a population of cells during cellular reprogramming
In: FEMS microbiology letters. - Malden, Mass : Wiley-Blackwell, Bd. 329.2012, 1, S. 78-86

2011

Dissertation
Streif, Stefan;  Findeisen, Rolf [Gutachter];  Marwan, Wolfgang [Gutachter] 

Understanding phototaxis of Halobacterium salinarum - a systems biology approach
In: Zugl.: Magdeburg Univ., Fak. für Elektrotechnik und Informationstechnik., Diss., 2011: Aachen Shaker, XIX, 165 S., Ill., graph. Darst., 21 cm - (Contributions in systems theory and automatic control; 1), ISBN 978-3-8440-0091-7 ; [Sprache der Zusammenfassung: Deutsch]

Originalartikel in begutachteter internationaler Zeitschrift
Durzinsky, Markus;  Marwan, Wolfgang;  Ostrowski, Max;  Schaub, Torsten;  Wagler, Annegret 

Automatic network reconstruction using ASP
In: Theory and practice of logic programming: TPLP - Cambridge: Cambridge Univ. Press, Bd. 11.2011, 4/5, S. 749-766; http://dx.doi.org/10.1017/S1471068411000287 ; [Special issue: 27th International Conference on Logic Programming, 2011]

Durzinsky, Markus;  Wagler, Annegret;  Marwan, Wolfgang 

Reconstruction of extended Petri nets from time series data and its application to signal transduction and to gene regulatory networks
In: BMC systems biology - London: BioMed Central, Bd. 5.2011, 113, insges. 17 S.; http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-5-113

Marwan, Wolfgang;  Wagler, Annegret;  Weismantel, Robert 

Petri nets as a framework for the reconstruction and analysis of signal transduction pathways and regulatory networks
In: Natural computing: an international journal - Dordrecht [u.a.]: Kluwer Academic Press, Bd. 10.2011, 2, S. 639-654; http://dx.doi.org/10.1007/s11047-009-9152-x

Marwan, Wolfgang 

The circuits of live
In: Public service review / Science and technology - Newcastle-under-Lyme: PSCA International, insges. 1 S., 2011; http://www.publicservice.co.uk/pub_selectissue.asp?publication=Science%20and%20Technology

Originalartikel in begutachteter zeitschriftenartiger Reihe
Marwan, Wolfgang;  Rohr, Christian;  Heiner, Monika 

Petri nets in Snoopy - a unifying framework for the graphical display, computational modelling, and simulation of bacterial regulatory networks in Methods in Molecular Biology
In: Bacterial molecular networks . - New York, NY [u.a.] : Humana Press, ISBN 978-1-617-79361-5, S. 409-437; Abstract unter URL: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-61779-361-5_21, 2011

2010

Originalartikel in begutachteter internationaler Zeitschrift
Barrantes, Israel;  Glöckner, Gernot;  Meyer, Sonja;  Marwan, Wolfgang 

Transcriptomic changes arising during light-induced sporulation in Physarum polycephalum
In: BMC genomics . - London : BioMed Central, Abstract unter URL: http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-11-115, 2010

Marwan, Wolfgang 

Amoeba-inspired network design
In: Science . - Washington, DC : American Assoc. for the Advancement of Science, Bd. 327.2010, 5964, S. 419-420

Rohr, Christian;  Marwan, Wolfgang;  Heiner, Monika 

Snoopy: a unifying Petri net framework to investigate biomolecular networks
In: Bioinformatics . - Oxford : Oxford Univ. Press, Bd. 26.2010, 7, S. 974-975

Streif, Stefan;  Oesterhelt, Dieter;  Marwan, Wolfgang 

A predictive computational model of the kinetic mechanism of stimulus-induced transducer methylation and feedback regulation through CheY in archaeal phototaxis and chemotaxis
In: BMC systems biology . - London : BioMed Central, Bd. 4.2010, 27, insges. 18 S.; Abstract unter URL: http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-4-27

Originalartikel in begutachteter zeitschriftenartiger Reihe
Blätke, Mary Ann;  Marwan, Wolfgang 

Modular and hierarchical modelling concept for large biological Petri nets applied to nociception
In: Algorithmen und Werkzeuge, insges. 9 S., 2010

2009

Originalartikel in begutachteter internationaler Zeitschrift
Streif, Stefan;  Staudinger, Wilfried Franz;  Oesterhelt, Dieter;  Marwan, Wolfgang 

Quantitative analysis of signal transduction in motile and phototactic cells by computerized light stimulation and model based tracking
In: Review of scientific instruments . - Melville, NY : AIP, Bd. 80.2009, 2, insges. 8 S.

Originalartikel in begutachteter zeitschriftenartiger Reihe
Heiner, Monika;  Lehrack, Sebastian;  Gilbert, David;  Marwan, Wolfgang 

Extended stochastic Petri nets for model-based design of wetlab experiments
In: Berlin [u.a.] : Springer, ISBN 3-642-04185-X, S. 138-163; Lecture notes in computer science; 5750, 2009 ; [Transactions on computational systems biology ; 11.2009]

2008

Originalartikel in begutachteter internationaler Zeitschrift
Durzinsky, Markus;  Wagler, Annegret;  Weismantel, Robert;  Marwan, Wolfgang 

Automatic reconstruction of molecular and genetic networks from discrete time series data
In: Biosystems . - Amsterdam : North-Holland Publ. Co., Bd. 93.2008, 3, S. 181-190

Glöckner, Gernot;  Golderer, Georg;  Werner-Felmayer, Gabriele;  Meyer, Sonja;  Marwan, Wolfgang 

A first glimpse at the transcriptome of physarum polycephalum
In: BMC genomics . - London : BioMed Central, Bd. 9.2008, insges. 11 S.; Abstract unter URL: http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-9-6

Marwan, Wolfgang;  Wagler, Annegret;  Weismantel, Robert 

A mathematical approach to solve the network reconstruction problem
In: Mathematical methods of operations research . - Berlin : Springer, Bd. 67.2008, 1, S. 117-132

Streif, Stefan;  Staudinger, Wilfried Franz;  Marwan, Wolfgang;  Oesterhelt, Dieter 

Flagellar rotation in the archaeon halobacterium salinarum depends on ATP
In: Journal of molecular biology . - Amsterdam [u.a.] : Elsevier, Bd. 384.2008, 1, S. 1-8

Kooperationen
Profil
  • Untersuchungen zur Struktur und Dynamik molekularer Netzwerke bei Pro- und Eukaryonten
  • Rekonstruktion der Struktur regulatorischer Netzwerke durch Reverse Engineering
  • Sensorische Kontrolle der Sporulation von Physarum polycephalum
  • Lichtgesteuertes Schwimmverhalten (Phototaxis) bei Halobacterium salinarum
Service
Beratung, Gutachten, Projekte zu Themenfeldern:
  • Untersuchungen zur Struktur und Dynamik molekularer Netzwerke bei Pro- und Eukaryonten
  • Rekonstruktion der Struktur regulatorischer Netzwerke durch Reverse Engineering
  • Sensorische Kontrolle der Sporulation von Physarum polycephalum
  • Lichtgesteuertes Schwimmverhalten (Phototaxis) bei Halobacterium salinarum
Vita


1979-1984Studies of Chemistry and Biology, University of Erlangen
1985Diploma in Biology, University of Erlangen
1989Dr. rer. nat. in Biochemistry, University of Munich (LMU)
1989-1990Postdoc, Max-Planck-Institute for Biochemistry, Martinsried
1990-1999Group Leader, Max-Planck-Institute for Biochemistry, Martinsried
1993-1994Visiting Scientist, University of Pennsylvania, Philadelphia
1996Habilitation in Biochemistry, University of Munich (LMU)
1999-2003Heisenberg Fellow, University of Freiburg
2003-2004Research Professor, University of Hertfordshire, UK
since 2005Head of the Molecular Network Analysis Group at the Max-Planck-Institute for Dynamics of Complex Technical Systems
since 2005Full Professor, Otto-von-Guericke Universität Magdeburg
 
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Letzte Änderung: 29.11.2017 - Ansprechpartner:

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